Esta institución es la más antigua y laureada del fútbol hondureño. El Club fue fundado el 12 de junio de 1912 por los señores: Héctor Pineda Ugarte, Carlos Bram, Arturo Bram, Enrique Buk, Santiago Buk, Miguel Sánchez, Samuel Inestrosa Gómez y Ramón Escobar.
El Club; fue bautizado como "Nacional Olimpia", haciendo honor a los juegos olímpicos de la antigüedad llevados a cabo en el valle de Olimpia, Grecia en 1896. Inicialmente, los socios fundadores del Olimpia formaron la institución para la práctica del béisbol. Este deporte, era en aquel entonces; el más popular de Honduras. Pero con el paso del tiempo, el fútbol fue tomando un gran auge en el país, lo que motivó a sus dirigentes a convertir al Olimpia, en una institución futbolística.
El Club Deportivo Olimpia conquistó su primer título a nivel nacional en septiembre de 1928. En aquella oportunidad, el cuadro 'Albo' representando a la zona central; logró imponerse, en una serie final de tres encuentros al C. D. Marathón, campeón de la zona norte . A raíz de esta final, se creó una fiera rivalidad entre estos dos equipos a la cual se le denominó: El "Clásico Nacional".
En 1957, el C.D. Olimpia representando al Departamento de Francisco Morazán obtuvo primer campeonato nacional de fútbol avalado por la Federación Deportiva Extraescolar de Honduras, luego de vencer a los equipos: Vida (campeón Departamental de Atlántida), Hibueras (Campeón Departamental de Cortés) y al C.D. Honduras (Campeón Departamental de Yoro). Al siguiente año el equipo repitió; logrando vencer a los equipos: Independiente de San Pedro Sula, Ferrocarril Tela, así como al C.D. Honduras de El Progreso y al Fortuna; representante del Departamento de Colón.
En 1959, el Club 'Merengue' logró el tri-campeonato nacional dejando en el camino; al Honduras de El Progreso por tercera vez y al Marathón de San Pedro Sula. En los dos años subsiguientes; el Club Olimpia continuó su hegemonía tanto a nivel departamental como a nivel nacional. De esta manera, el cuadro Albo conseguía el pentacampeonato con excelentes jugadores como: “Furia” Solís, Rolin Castillo, Ricardo “Chendo” Rodríguez entre otros.
Para el campeonato de 1963-64, la Federación Deportiva Extraescolar cambió la modalidad del torneo y se decidió por un torneo Regional en el cual los equipos se eliminarían por zonas. Fue así como el 14 de diciembre de 1963, el C.D. Olimpia dio cuenta del Chorotega de Choluteca por 10-0 y del Libertad de Amapala por 3-2. Una vez definida esta serie, los 'Albos' se enfrentaron al España de San Pedro Sula. El primer partido, llevado a cabo el 12 de enero de 1964 terminó empatado a cero goles por bando. El día 26 de ese mismo mes, los equipos se volvieron a enfrentar y esto produjo una victoria del León por 1-0. El tanto del encuentro, fue obra del Donaldo 'Coyoles' Rosales. En el tercer y último encuentro, los equipos volvieron a empatar a cero y ese resultado le dio nuevamente el título al C.D. Olimpia.
Los campeonatos nacionales, auspiciados por la Federación Deportiva Extraescolar concluyeron con la temporada 1964-65. Bajo la dirección técnica del brasileño Marinho Rodríguez, el C.D. Olimpia disputó la final con el recién fundado C.D.Platense de Puerto Cortés. El primer partido de esta serie final, terminó con victoria 'Merengue' por 1-0. Luego, en el segundo partido; ambos equipos empataron a cero goles por bando. Pero en el último encuentro, el Club Olimpia se llevó su séptimo y último título en este tipo de competencia al vencer al cuadro 'Escualo' por 2-0.
